Τα αίτια που μπορεί να προκαλέσουν την εξωμήτριο ανάπτυξη του εμβρύου είναι πολλά και πολλές φορές είναι δύσκολο να εξακριβωθούν. Συχνότερα αίτια είναι οι φλεγμονές των σαλπίγγων (Σαλπιγγίτιδες) που οφείλονται σε προσβολή των σαλπίγγων από μικρόβια που μεταδίδονται συνήθως με τη σεξουαλική επαφή (Γονόκοκκος, χλαμύδα κλπ) τελευταία ενοχοποιούνται και ιοί [έρπις γεννητικών οργάνων].
Η φλεγμονή προκαλεί την ανάπτυξη συμφύσεων και τη καταστροφή του αυλού της σάλπιγγας. Οι επεμβάσεις στη κοιλιά όπως η Σκωληκοειδεκτομή ειδικα αν έγινε σε μικρή ηλικία και υπήρχε περιτονίτιδα, η αφαίρεση κάποιας κύστεως ωοθήκης, η πλαστική των σαλπίγγων πολύ συχνά προδιαθέτουν για την εξωμήτριο ανάπτυξη του εμβρύου.
Επίσης ενοχοποιούνται διάφοροι όγκοι των γεννητικών οργάνων (ινομυώματα), η ενδομητρίωση, οι τεχνητές εκτρώσεις και σπανιότερα το spiral (IU.D). Όλες αυτές οι καταστάσεις δημιουργούν συνθήκες που εμποδίζουν το πέρασμα του γονιμοποιημένου ωαρίου δια μέσου της σάλπιγγας στη κοιλότητα της μήτρας.
Το κύημα εγκλωβίζεται στη σάλπιγγα και αρχίζει να αναπτύσσεται σιγά-σιγά. Οι τοπικές όμως συνθήκες δεν ευνοούν την σωστή εξέλιξη της εγκυμοσύνης. Το κύημα θα προκαλέσει διάτρηση της σάλπιγγας ή θα αποβληθεί μέσα στη κοιλιά. Και στις δύο. περιπτώσεις προκαλείται βλάβη του τοιχώματος της σάλπιγγας με αποτέλεσμα την εσωτερική αιμορραγία μικρού η μεγάλου βαθμού.
Σε σπάνιες περιπτώσεις το κύημα που θα πέσει στη κοιλιά θα επιζήσει και θα αναπτυχθεί σαν κοιλιακή εξωμήτριος κύηση.