Η ενδομητρίωση συνήθως συνοδεύεται από έντονη και επώδυνη έμμηνο ρύση. Οι γυναίκες μπορεί να εμφανίζουν παρατεταμένη αιμορραγία, αυξημένη ροή ή πόνο που ξεκινά πολύ πριν την περίοδο και συνεχίζεται καθ’ όλη τη διάρκειά της. Τα συμπτώματα αυτά σχετίζονται με τη φλεγμονώδη δραστηριότητα των ενδομητριωσικών εστιών.