Ναι, η ενδομητρίωση μπορεί να υποτροπιάσει, κυριώςόταν δεν έχει αφαιρεθεί πλήρως. Η εμπειρία του ιατρού και η σωστή αντιμετώπιση μειώνουν σημαντικά τον κίνδυνο επανεμφάνισης.