Η εξωσωματική γονιμοποίηση αποτελεί μία αποτελεσματική επιλογή για γυναίκες με ενδομητρίωση που αντιμετωπίζουν δυσκολία σύλληψης. Η απόφαση για εξωσωματική λαμβάνεται εξατομικευμένα λαμβάνοντας υπόψιν την ηλικία, τη λειτουργία των ωοθηκών και την προηγούμενη χειρουργική ή φαρμακευτική αντιμετώπιση. Σε ορισμένες περιπτώσεις, προηγείται χειρουργική αφαίρεση των εστιών, ώστε να βελτιωθούν τα ποσοστά επιτυχίας της εξωσωματικής.
