Στις περισσότερες περιπτώσεις, οι λειτουργικές κύστεις υποχωρούν αυτόματα μέσα σε 1-2 έμμηνους κύκλους. Συχνά «απορροφώνται» φυσικά από τον οργανισμό και εξαφανίζονται με την περίοδο. Ο γιατρός σας θα συστήσει επανέλεγχο με υπερηχογράφημα για να επιβεβαιώσει ότι η κύστη έχει φύγει.