Η ενδομητρίωση μπορεί να επηρεάσει τη γονιμότητα χωρίς όμως να οδηγεί υποχρεωτικά σε υπογονιμότητα. Η φλεγμονή, οι συμφύσεις και η αλλοίωση της φυσιολογικής ανατομίας των ωοθηκών και των σαλπίγγων ενδέχεται να επηρεάσουν τη σύλληψη. Παρ’ όλα αυτά, πολλές γυναίκες με ενδομητρίωση επιτυγχάνουν εγκυμοσύνη, είτε φυσιολογικά είτε με τη βοήθεια υποβοηθούμενων μεθόδων αναπαραγωγής.
