Η ενδομητρίωση μπορεί να εξελιχθεί με την πάροδο του χρόνου, ιδιαίτερα όταν παραμένει αδιάγνωστη ή χωρίς κατάλληλη θεραπεία. Σε ορισμένες γυναίκες τα συμπτώματα επιδεινώνονται, ενώ σε άλλες παραμένουν σταθερά. Η πορεία της διαφέρει από γυναίκα σε γυναίκα.
