Η ενδομητρίωση δεν είναι καρκίνος και στη συντριπτική πλειονότητα των περιπτώσεων δεν εξελίσσεται σε κακοήθεια. Ωστόσο, συγκεκριμένες μορφές ενδομητρίωσης συνδέονται με ελαφρώς αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης ορισμένων τύπων ωοθηκικού καρκίνου, γεγονός που καθιστά απαραίτητη τη σωστή παρακολούθηση από εξειδικευμένο χειρουργό γυναικολόγο.