Στις περισσότερες γυναίκες οι απλές λειτουργικές κύστεις ωοθηκών δεν επηρεάζουν τη γονιμότητα και υποχωρούν από μόνες τους. Ωστόσο, εαν η κύστη σχετίζεται με παθολογίες όπως η ενδομητρίωση μπορεί να δυσκολέψει τη σύλληψη. Ο ειδικός σε θέματα γονιμότητας γιατρός θα εκτιμήσει κάθε περίπτωση και θα συστήσει την κατάλληλη θεραπεία για διατήρηση της γονιμότητας.